发展战略与区域创新研究部

  跟踪国内外创新发展战略研究动态；负责《中国创新发展报告》研究组织工作；根据国家发展改革委高技术司委托，开展国家创新型城市有关研究；承担国家重大科技基础设施建设有关研究任务；积极争取和承担地方政府委托区域创新发展战略、政策与规划研究项目；承担年度自主创新形势分析研究工作；完成中心交办研究任务和有关工作。

技术创新与产业政策研究部

    跟踪国内外技术与产业政策研究动态；根据国家发展改革委委托，完成国家地方联合创新平台建设有关研究任务；积极争取和承担国家和地方产业或园区创新战略、规划和政策研究课题；积极组织的产业技术路线图研究任务；完成中心交办研究任务和有关工作。

商业模式和服务创新研究部

    跟踪国内外商业模式和服务创新研究动态；积极争取国家发展改革委高技术服务业发展战略、规划和政策研究；积极争取地方高技术服务业发展战略研究，以及高技术服务业基地建设规划研究；完成中心交办研究任务和有关工作。

社会发展与公务创新研究部

    跟踪国内外社会发展和公务创新研究动态；负责组织协调创新政策学研究任务；积极争取国家有关战略、规划和政策研究；积极开展教育、医疗卫生、文化和公共安全创新发展战略和政策研究；完成中心交办研究任务和有关工作。

创新监测与政策模拟实验室

    跟踪国内外创新监测评估方法研究进展；组织宏观决策支撑平台建设和方法、软件开发；根据中心安排，完成创新调查和分析工作；承担中心网站建设和维护工作；完成中心交办研究任务和有关工作。