中国科学院创新发展研究中心先后承担了《广州国家创新型城市总体规划（2009-2015年）》、《连云港市国家创新型城市建设总体规划（2011-2015年）》、《长沙国家创新型城市建设总体规划（2011-2015年）》、《合肥国家创新型城市总体规划》、《盐城建设国家创新型城市“十二五”规划》等，在强化城市创新中心功能，营造创新友好环境，建设创新体系健全、创新要素集聚、创新效率高、创新效益好、辐射带动能力强的国家创新型城市，打造区域经济增长极等方面积累了丰富的理论与实践经验。